Γεννήθηκε το 1945 στην Επισκοπή Ρεθύμνου και ασχολείται επαγγελματικά με το λαούτο από το 1969. Από πολύ νεαρή ηλικία είχε την τύχη να ζήσει από κοντά σ' ένα γλεντζέδικο, ζωντανό περιβάλλον γεμάτο μουσικά ακούσματα, γνήσια παραδοσιακά, όπως του Μπαξεβάνη και του Νίκου του Μανιά. Οι δύο αυτοί λαγουτιέρηδες τον επηρέασαν βαθύτατα.
Η τεχνική τους στο λαούτο και η έκφραση στο τραγούδι καθόρισαν την πορεία του νεαρού τότε καλλιτέχνη, ο οποίος πολύ γρήγορα σημείωσε τεράστια πρόοδο και εξέλιξη και μέχρι σήμερα αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους εκφραστές της κρητικής μουσικής παράδοσης. Ιδιαίτερα στο τραγούδι διακρίθηκε για την ερμηνεία του που την υπογράμμιζε μοναδικά η εξαιρετική "κρητική" χροιά της φωνής του.

Έχει να παρουσιάσει πλούσια δισκογραφία και συνεργασίες με μεγάλους καλλιτέχνες όπως Νίκος Μανιάς, Ροδάμανθος Ανδρουλάκης, Ζαχ.Μελεσσανάκης, Θαν.Σκορδαλός, κ.α. και ανελλιπή ζωντανή παρουσία στα κρητικά κέντρα του νησιού, της Ελλάδας γενικότερα αλλά και του εξωτερικού. Η δεκαετία του 70 και του 80 θεωρούνται οι κορυφαίες στην καριέρα του Μ. Κακλή και ιδιαίτερα οι δισκογραφικές του συνεργασίες με το Ροδάμανθο και το Μελεσσανάκη.
Παρά το σκληρό χτύπημα της μοίρας που έπληξε την οικογένεια του (έχασε την κόρη του Μαρίνα), ο Μανώλης Κακλής με την παρότρυνση των φίλων και θαυμαστών του, συνεχίζει να μαγεύει με το τραγούδι του... Tα τελευταία χρόνια συνεργάζεται με τους αδερφούς Κατσαμά ενώ και δισκογραφικά είναι αρκετά δραστήριος